MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 24405

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720669
2	NC_016908	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720669
3	NC_016908	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720669
4	NC_016908	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720669
5	NC_016908	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	378720669
6	NC_016908	ATG	2	6	392	397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720669
7	NC_016908	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720669
8	NC_016908	GTA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720669
9	NC_016908	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720669
10	NC_016908	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720669
11	NC_016908	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720669
12	NC_016908	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	378720669
13	NC_016908	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	378720669
14	NC_016908	ATA	2	6	812	817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720669
15	NC_016908	ATA	2	6	1196	1201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720670
16	NC_016908	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720670
17	NC_016908	TGA	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720670
18	NC_016908	GTA	2	6	1293	1298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720670
19	NC_016908	CAA	2	6	1355	1360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378720670
20	NC_016908	A	7	7	1359	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	378720670
21	NC_016908	TAA	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720670
22	NC_016908	TCT	2	6	1503	1508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378720671
23	NC_016908	A	6	6	1511	1516	100 %	0 %	0 %	0 %	378720671
24	NC_016908	TC	3	6	1521	1526	0 %	50 %	0 %	50 %	378720671
25	NC_016908	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	378720671
26	NC_016908	AT	3	6	1646	1651	50 %	50 %	0 %	0 %	378720671
27	NC_016908	TA	3	6	1764	1769	50 %	50 %	0 %	0 %	378720671
28	NC_016908	ATA	3	9	1767	1775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720671
29	NC_016908	A	7	7	1793	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	378720671
30	NC_016908	GTA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720671
31	NC_016908	TGA	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720671
32	NC_016908	GAA	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720671
33	NC_016908	AAT	2	6	2020	2025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720671
34	NC_016908	TCA	2	6	2032	2037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720671
35	NC_016908	AGA	2	6	2038	2043	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720671
36	NC_016908	TTA	2	6	2075	2080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720671
37	NC_016908	CAA	3	9	2138	2146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378720671
38	NC_016908	T	8	8	2170	2177	0 %	100 %	0 %	0 %	378720672
39	NC_016908	A	6	6	2180	2185	100 %	0 %	0 %	0 %	378720672
40	NC_016908	T	6	6	2245	2250	0 %	100 %	0 %	0 %	378720672
41	NC_016908	T	6	6	2305	2310	0 %	100 %	0 %	0 %	378720672
42	NC_016908	T	6	6	2314	2319	0 %	100 %	0 %	0 %	378720672
43	NC_016908	GA	3	6	2332	2337	50 %	0 %	50 %	0 %	378720672
44	NC_016908	CGG	2	6	2359	2364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378720672
45	NC_016908	AGC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720672
46	NC_016908	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720672
47	NC_016908	A	7	7	2440	2446	100 %	0 %	0 %	0 %	378720672
48	NC_016908	T	7	7	2464	2470	0 %	100 %	0 %	0 %	378720672
49	NC_016908	TA	3	6	2496	2501	50 %	50 %	0 %	0 %	378720672
50	NC_016908	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	378720672
51	NC_016908	ATA	2	6	2573	2578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720672
52	NC_016908	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720672
53	NC_016908	TG	3	6	2612	2617	0 %	50 %	50 %	0 %	378720672
54	NC_016908	TTAT	2	8	2697	2704	25 %	75 %	0 %	0 %	378720672
55	NC_016908	AT	3	6	2756	2761	50 %	50 %	0 %	0 %	378720672
56	NC_016908	ATG	2	6	2834	2839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720672
57	NC_016908	TAT	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720672
58	NC_016908	TTA	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720672
59	NC_016908	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	378720672
60	NC_016908	TTAT	2	8	2919	2926	25 %	75 %	0 %	0 %	378720672
61	NC_016908	A	6	6	2983	2988	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
62	NC_016908	CTC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378720673
63	NC_016908	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	378720673
64	NC_016908	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
65	NC_016908	ATT	2	6	3089	3094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
66	NC_016908	T	6	6	3132	3137	0 %	100 %	0 %	0 %	378720673
67	NC_016908	ATT	2	6	3202	3207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
68	NC_016908	A	7	7	3246	3252	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
69	NC_016908	A	6	6	3263	3268	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
70	NC_016908	AACT	2	8	3302	3309	50 %	25 %	0 %	25 %	378720673
71	NC_016908	AAT	2	6	3354	3359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
72	NC_016908	AGA	2	6	3375	3380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
73	NC_016908	AGA	2	6	3390	3395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
74	NC_016908	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720673
75	NC_016908	TGC	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378720673
76	NC_016908	TG	3	6	3437	3442	0 %	50 %	50 %	0 %	378720673
77	NC_016908	A	7	7	3517	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
78	NC_016908	A	7	7	3536	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
79	NC_016908	GA	3	6	3544	3549	50 %	0 %	50 %	0 %	378720673
80	NC_016908	T	6	6	3573	3578	0 %	100 %	0 %	0 %	378720673
81	NC_016908	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
82	NC_016908	TATT	2	8	3615	3622	25 %	75 %	0 %	0 %	378720673
83	NC_016908	GTT	2	6	3644	3649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378720673
84	NC_016908	GAG	2	6	3685	3690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378720673
85	NC_016908	TTGC	2	8	3745	3752	0 %	50 %	25 %	25 %	378720673
86	NC_016908	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
87	NC_016908	TAT	2	6	3846	3851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
88	NC_016908	GCA	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720673
89	NC_016908	AGA	2	6	3972	3977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
90	NC_016908	AT	3	6	4006	4011	50 %	50 %	0 %	0 %	378720673
91	NC_016908	CTA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720673
92	NC_016908	TAT	2	6	4123	4128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
93	NC_016908	TTA	2	6	4129	4134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
94	NC_016908	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	378720673
95	NC_016908	TGT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378720673
96	NC_016908	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	378720673
97	NC_016908	AG	3	6	4335	4340	50 %	0 %	50 %	0 %	378720673
98	NC_016908	ATA	2	6	4343	4348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
99	NC_016908	TA	3	6	4423	4428	50 %	50 %	0 %	0 %	378720673
100	NC_016908	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378720673
101	NC_016908	GCA	2	6	4618	4623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720673
102	NC_016908	A	6	6	4645	4650	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
103	NC_016908	TA	3	6	4675	4680	50 %	50 %	0 %	0 %	378720673
104	NC_016908	GAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
105	NC_016908	AAG	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
106	NC_016908	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
107	NC_016908	GAA	2	6	4765	4770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
108	NC_016908	TAA	2	6	4785	4790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
109	NC_016908	CTA	2	6	4809	4814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720673
110	NC_016908	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	378720673
111	NC_016908	GAG	2	6	4858	4863	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378720673
112	NC_016908	AT	3	6	4867	4872	50 %	50 %	0 %	0 %	378720673
113	NC_016908	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378720673
114	NC_016908	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	378720673
115	NC_016908	AAG	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720673
116	NC_016908	ACG	2	6	5210	5215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720673
117	NC_016908	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
118	NC_016908	ATT	2	6	5288	5293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
119	NC_016908	TAA	2	6	5310	5315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
120	NC_016908	AATA	2	8	5316	5323	75 %	25 %	0 %	0 %	378720673
121	NC_016908	GAT	2	6	5329	5334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720673
122	NC_016908	ATTC	2	8	5353	5360	25 %	50 %	0 %	25 %	378720673
123	NC_016908	TGC	2	6	5367	5372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378720673
124	NC_016908	T	6	6	5395	5400	0 %	100 %	0 %	0 %	378720673
125	NC_016908	ATT	2	6	5411	5416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
126	NC_016908	TGC	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378720673
127	NC_016908	CTA	2	6	5519	5524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720673
128	NC_016908	AGT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720673
129	NC_016908	CGC	2	6	5582	5587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378720673
130	NC_016908	A	7	7	5605	5611	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
131	NC_016908	TTG	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378720673
132	NC_016908	TTA	2	6	5647	5652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720673
133	NC_016908	ATA	2	6	5669	5674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
134	NC_016908	TAA	2	6	5738	5743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
135	NC_016908	ATA	2	6	5761	5766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720673
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137	NC_016908	A	6	6	5784	5789	100 %	0 %	0 %	0 %	378720673
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